90 % du traitement pendant les 3 premiers mois

L'indemnisation du fonctionnaire pendant les trois premiers mois d'un congé de maladie ordinaire passe de 100 % à 90 % du traitement indiciaire (art. L. 822-3 du CGFP). Cette mesure, issue de la loi de finances pour 2025, s'applique aux congés de maladie accordés à compter du 1er mars 2025. Les dispositions sont inchangées pour les neuf mois suivants : le fonctionnaire perçoit alors la moitié de son traitement.

Impact sur les autres éléments de rémunération

Le fonctionnaire en congé de maladie continue à bénéficier, le cas échéant, de l'intégralité du supplément familial de traitement et de l'indemnité de résidence.
En revanche, la mesure impacte le versement de certains éléments de rémunération dont le montant est "réduit dans les mêmes proportions que le traitement", tels que la nouvelle bonification indiciaire, le complément de traitement indiciaire ou l'indemnité compensatrice de la hausse de la CSG. Leur montant sera donc réduit à 90 % pendant les trois premiers mois du congé.
S'agissant du régime indemnitaire, les conditions de sa modulation pendant un congé de maladie sont définies par délibération. En application du principe de parité, celles-ci ne doivent toutefois pas être plus favorables que celles applicables aux fonctionnaires de l'Etat. Or, pour ces derniers, il est expressément prévu qu'en cas de congé de maladie ordinaire, "le bénéfice des primes et indemnités (...) est maintenu dans les mêmes proportions que le traitement".

Un décret doit être publié afin d'appliquer cette mesure aux agents contractuels.