Parmi les obligations des fonctionnaires figurent le devoir d'information du public, la discrétion professionnelle, l'obligation de réserve, le secret professionnel, l'obéissance hiérarchique, l'interdiction de cumul avec une activité privée lucrative.
Les fonctionnaires bénéficient également de droits fondamentaux et notamment le droit à la formation professionnelle, le droit à la protection et à la santé, le droit de grève, le droit syndical, la liberté d'opinion, la protection de l'agent contre le harcèlement dans les relations de travail et la communication des documents administratifs.
Les fonctionnaires territoriaux participent à l'élaboration des règles qui les concernent, au travers de leurs représentants dans les organismes consultatifs au plan local et au plan national (conseil supérieur de la fonction publique territoriale).
La formation
La formation constitue une voie importante de promotion dont bénéficie le fonctionnaire tout au long de sa carrière. Elle est aussi un moyen de renforcer le degré de professionnalisme de la fonction publique territoriale. C'est notamment le Centre national de la fonction publique territoriale (CNFPT), qui a en charge la formation de tous les agents territoriaux (formation initiale, formation continue, préparation aux concours de la fonction publique territoriale). Par ailleurs, la loi du 19 février 2007 relative à la fonction publique territoriale a créé le droit individuel à la formation (DIF) : les agents territoriaux occupant un emploi permanent à temps complet ont ainsi droit à 20 heures de formation par an.
La mobilité
Le fonctionnaire peut changer d'employeur public. La voie la plus utilisée est la mutation. La mutation repose sur l'accord de deux volontés : celle du fonctionnaire qui prend l'initiative de la procédure en se portant candidat à un emploi dans une autre collectivité, et celle de l'autorité territoriale qui retient sa candidature.
Des "passerelles" existent également entre les trois fonctions publiques - de l'Etat, territoriale et hospitalière par l'intermédiaire de quatre possibilités : le tour extérieur, le concours interne (voie de la promotion), le détachement suivi ou non d'intégration, l'intégration directe et la mise à disposition.